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Die Medizinische Fakultät gehörte 1558 zu den Gründungsfakultäten der Friedrich-Schiller-Universität. Und auch heute noch hat die Medizin in Jena eine Art Sonderstatus. Die Pharmazie wurde damals zwar noch nicht betrieben, leistet aber einen gleichfalls hohen Beitrag. So wurde 1942 in Jena das erste labortechnische Verfahren zur Herstellung von Penicillin auf dem europäischen Festland durch Hans Knöll realisiert. Daraus entstand zudem 1950 das Unternehmen Jenapharm.
Heute ist Jenapharm in Deutschland Marktführer im Bereich orale Kontrazeption, gehört zu den führenden Unternehmen in der Hormonersatztherapie und hat sich auf Frauengesundheit spezialisiert.
Die Jenaer setzen auf die traditionell enge Zusammenarbeit zwischen Biotechnologie, Medizintechnik und Optischen Technologien am Standort. Wie erfolgreich sich damit arbeiten lässt, zeigt beispielsweise die Alere Technologies GmbH. Sie wurde 1998 als Start-up gegründet und produziert heute international erfolgreich für die Forschung und Diagnostik. Ebenfalls ein Jenaer Erfolgsgarant: Die Carl Zeiss MicroImaging GmbH. Als führender Hersteller von Mikroskopsystemen bietet das Unternehmen Komplettlösungen für biomedizinische Forschung, Gesundheitswesen und Industrie an.
An der Friedrich-Schiller-Universität Jena werden Biologen, Biochemiker, Pharmazeuten und Ernährungswissenschaftler ausgebildet. Sie schnuppern zeitig Praxisluft, beispielsweise an der im Rahmen der Exzellenzinitiative geförderten Graduiertenschule „Jena School for Microbial Communication“. Auch die Absolventen des Fachbereichs Medizintechnik und Biotechnologie der Fachhochschule Jena sind begehrte Nachwuchskräfte.
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